肺炎链球菌常定植于人的鼻咽部,是人体正常定植微生物群,托幼机构的儿童肺炎链球菌携带率可以高达60%~70%。但该菌也是人类社区感染的常见致病原,可引起局部组织或器官感染,如中耳炎、鼻窦炎、肺炎等,也可引起脓胸、败血症、脑膜炎等侵袭性感染。为什么肺炎链球菌有时引起疾病,平常却是定植菌?除了易感宿主的因素,也与菌株之间致病力存在差异或变异有关。肺炎链球菌对抗生素的耐药性问题也是研究焦点之一,流行病学调查表明菌株之间耐药性存在明显不同。
要研究菌株间的这些生物特征的差异及其原因,首先要弄清不同菌株之间的遗传关系,也就是要明确肺炎链球菌的种群构成。研究分离菌株的种群结构,确定肺炎链球菌分离株的遗传谱系,对深入研究菌株国际传播、荚膜血清型转变和抗生素耐药性传播具有重要意义。在谱系背景下分析分离菌株的生物学特性,如耐药性,可以更为准确的描述不同种群的生物学特征。